В бухгалтерии трудятся высококвалифицированные специалисты по финансовой работе. Бухгалтерия АФ РАНХиГС обеспечивает систематический контроль за ходом исполнения смет доходов и расходов, состоянием расчета с юридическими и физическими лицами, сохранность денежных средств и материальных ценностей, учет  ведется по бюджетным (федеральный и местный бюджеты) и внебюджетным средствам, поступающим за выполнение платных образовательных услуг и хоздоговорных научно-исследовательских работ сотрудников кафедр академии.

Совместно с руководителями структурных подразделений работники бухгалтерии участвуют в разработке локальных нормативных актов филиала, готовят материалы для анализа финансово-хозяйственной деятельности филиала.